למערכת ההשקיה תפקיד קריטי בגינות מרפסת מכיוון שעודף או חוסר מים עלולים לגרום לנזק מיידי. חשוב לבחור מיכלי שתילה מתאימים כפי שהוסבר. יש עדיפות לשמירה של מצע השתילה לח בכל עת כדי לשמור על טמפרטורה נמוכה של השורשים. עדיף לעשות שימוש במערכת השקייה ממוחשבת. מערכות אלו נפוצות וזולות מאוד.
בנוסף, חשוב לתכנן בצורה נכונה את הניקוז, כך שמים עודפים לא יזרמו על המרצפות וילכלכו את המרפסת.